Si seguimos estas pautas nos evitaremos muchos problemas de difícil diagnóstico:

– No usar acentos ni eñes u otros caracteres regionales en los nombres de archivos: esto les evitará problemas a quien acceda desde equipos de otros países, con otros sistemas, o con otras versiones. Cuando subimos un archivo a internet puede ser un problema muy grave.
– Usar sólo letras y números: en algunos sistemas la coma, los guiones, el punto y coma, el ampersan, etc… tienen otros usos, ¡evítalos!
– Sustituir los espacios por subrayados bajos o mejor eliminarlos: algunos comandos o programas pueden confundirlos con parámetros o nombres de varios archivos.
– No poner nombres de archivos iguales sólo diferenciados porque unos tienen alguna letra en mayúscula y otros en minúsculas: algunos tipos de partición distinguen entre mayúsculas y minúsculas, pero cuando copiamos algo a otro sistema que no distingue (p.e.: la FAT32 de un pendrive) solo nos podremos quedar con uno de los archivos repetidos, ya que nos pedirá machacar uno por otro.
– Los nombres tienen que ser explicativos y estar en una ruta lógica: es la única manera de encontrarlos cuando los necesitemos dentro de unos meses o años.
– Siempre que sea posible respetar el viejo formato 8.3: este formato consiste en poner el nombre con 8 caracteres, un punto y otros 3 caracteres que se les llama ‘extensión’ ya que determinaba la aplicación que iba a abrirlos en los sistemas más arcaicos.
Ya casi nadie usa DOS pero siguen existiendo programas y dispositivos antiguos que sólo manejan bien este formato.
También ayuda a no sobrepasar los 255 caracteres en la ruta absoluta del archivo, límite que tiene algún sistema o aparato y que nos puede volver locos.

Fuente: http://malagaoriginal.blogspot.com.es/2013/12/la-forma-correcta-de-poner-un-nombre-un.html